根据2017年8月学校官网显示，学校拥有中国科学院院士2名、中国工程院院士5名、美国护理科学院院士1名，两院院士后备人选6名，国家级创新团队8个，“973”首席科学家8名，“长江学者”9名、国家杰出青年科学基金获得者24名、国家优秀青年科学基金获得者12名、“百千万人才工程”国家级人选10名、何梁何利基金科学与技术奖获得者7名、中国科协求是杰出青年奖获得者7名、军队高层次科技创新人才15名。在职高级专业技术职务人员733名。博士生导师294名，硕士生导师452名，270余名专家教授享受国务院政府特殊津贴。 2005年，海军军医大学吴孟超院士荣获国家最高科学技术奖，成为全国卫生系统、全军后勤系统和上海市荣获此殊荣的第一人；肝胆外科荣获国家科技进步奖创新团队奖，全国仅三家获此殊荣；近3年（截至2013年），国家科学技术奖励数位居全国首位（9项），新药创制重大专项和军特药重大专项（29项）位居全军医科院校第一。 根据2017年8月学校官网显示，学校还先后牵头承担国家“863计划”、“973计划”等重点项目140多项、承担各类研究课题3200余项，经费总额近15亿元，名列全军前茅；在《自然·免疫学》、《自然·遗传学》、《柳叶刀》等世界顶级学术杂志发表论文30余篇，发表SCI论文共3000多篇，数量跃升全国医科院校第二，多篇论文入选“中国百篇最具影响优秀国际学术论文”；多项成果入选“中国医药十大科技进展”和“中国高等学校十大科技进展”项目，获批新药和专利授权数连续多年位居全军院校第一。 根据2017年8月学校官网显示，学校先后获得国家最高科学技术奖1项，国家科学技术进步奖一等奖2项、国家自然科学奖二等奖4项，国家科技进步创新团队奖1项，国家技术发明奖二等奖5项，国家科学技术进步奖二等奖32项，省部级二等奖以上成果600余项。